Em seus três primeiros anos a Escola de Música da Rocinha funcionou em um espaço cedido pela Igreja Metodista da Rocinha; em 1997 e 1998 no salão de uma igreja evangélica autônoma; de 1999 a 2004 na quadra da Escola de Samba Acadêmicos da Rocinha; e desde então está sediada no 17º andar do Centro Municipal de Cidadania Rinaldo De Lamare, que pertence à Prefeitura do Rio e acolhe uma série de serviços voltados para a população carioca, com foco nos moradores da Rocinha e adjacências.
Em seu primeiro ano de funcionamento ofereceu cursos de flauta doce e violão, utilizando uma proposta metodológica que visava mais à sensibilização para a música do que propriamente ao desenvolvimento técnico nos instrumentos. Ano a ano foi ampliando a oferta de vagas e, sempre que possível, o número de cursos, mantendo a mesma metodologia com alunos iniciantes e realizando um trabalho de aprimoramento técnico com alunos de nível médio e avançado, com turmas organizadas por níveis de aprendizagem. Esta estratégia possibilitou maior aprofundamento na abordagem de conteúdos técnicos e teóricos e nos conduziu, inclusive, a atuar com vistas à formação para o trabalho.
Em 1995 foi implantado o curso de canto coral e em 1996, o de piano, que compuseram durante sete anos, juntamente com os de flauta doce e violão, a base do trabalho da EMR. Em 2003 teve início o curso de cavaquinho; em 2004, os de flauta transversa, saxofone e clarinete; e daí pra adiante vários outros foram sendo incorporados, levando em consideração a proposta pedagógica definida pela escola e as oportunidades que surgiam. Os cursos de clarinete e saxofone, por exemplo, foram ministrados por professores alemães que vieram para a EMR através de um convênio com o governo alemão.
Em 2018 a escola passou a oferecer cursos de canto coral, piano/teclado, flauta doce, violão, cavaquinho, percussão, violino, viola, violoncelo, contrabaixo, flauta transversa, clarinete, trompete, trompa, trombone, harpa, musicalização, teoria e percepção, prática de conjunto e prática de orquestra.
Desde 2000, paralelamente aos cursos de instrumentos e canto coral, a escola oferece a prática de conjunto, tendo esta atividade como uma linha mestra de sua proposta pedagógica. Como resultado vários grupos foram formados, com destaque para a BanDaCapo e o Chorando à Toa, que atuaram profissionalmente no campo da música popular, para a área do canto coral, que com Coro Infanto-juvenil e o Coro de Jovens protagonizaram uma série de momentos de destaque na história da escola, e, mais recentemente, para a Orquestra de Câmara da Rocinha, primeiro projeto da EMR voltado para a música orquestral, que desde 2015 é a principal ação desenvolvida na EMR. Com menor destaque, porém com papel importante no aprimoramento desta metodologia, foram formados diversos conjuntos de câmara, integrados por alunos dos cursos de flauta doce, violão, cavaquinho, percussão, teclado e outros, todos vivenciando intensamente a experiência de realização de apresentações públicas.
